Vào giữa thập niên 1940, Đức Quốc xã đã tràn ngập châu Âu và Nhật Bản bắt đầu vươn vai quân sự của mình. Quốc hội Hoa Kỳ vì vậy cho phép tháo khoán quỹ cần dùng để cải tiến phòng thủ duyên hải Manila và Vịnh Subic. Tổng thống Franklin D. Roosevelt ra lệnh sáp nhập các lực lượng quân sự Philippines và lực lượng quân sự Hoa Kỳ ở Viễn Đông vừa mới thành lập lại thành một. Tướng Douglas MacArthur được lệnh trở lại phục vụ với quân hàm trung tướng và chức vụ Tư lệnh Quân đội Hoa Kỳ tại Philippines và Quân đội Philippines.

Năm 1941, trong khi Thủy quân lục chiến xây dựng phòng tuyến trên bờ biển, các phi cơ PBY Catalina thực hiện các chuyến bay tuần tra hàng ngày ngoài Luzon vì có tin là quân Nhật sắp tiến vào Philippines. Ngày 11 tháng 12, 7 phi cơ Catalinas vừa thực hiện tuần tra trở về thì gặp phải các phi cơ A6M Zero của Nhật Bản xuất hiện và rượt đuổi. Kết quả một phi cơ Nhật bị hạ và toàn bộ các phi cơ Hoa Kỳ Catalinas chìm xuống đáy lòng chảo bên trong Vịnh Subic.

Vào ngày 24 tháng 12 trong lúc tình thế ở Subic trở nên tuyệt vọng, lệnh rút quân và tiêu hủy căn cứ được ban hành. Tất cả đều bị đốt cháy trong lúc người Philippines tiêu hủy cả thị trấn Olongapo. Thủy quân lục chiến rút về Bataan và dần dần về Corregidor nơi mà họ thực hiện một cuộc kháng cự cuối cùng.

Ngày 10 tháng 1 năm 1942, binh sĩ của Sư đoàn Lục quân 14 của quân đội Đế quốc Nhật Bản tiến vào Olongapo và vào ngày 12 thì người Nhật dùng thuyền đánh cá bản xứ tiến vào chiếm đảo Grande.

Ngày 20 tháng 10 năm 1944, bốn sư đoàn Bộ binh Hoa Kỳ trên 650 tàu đổ bộ lên Palo, Leyte thực hiện lời hứa của MacArthur trở lại Philippines.

Vào tháng 1 năm 1945, người Nhật bỏ tất cả trừ Vịnh Subic. Ngày 29 tháng 1, 40.000 quân của Hoa Kỳ tiến về Vịnh Subic. Người Nhật biết là cuối cùng sẽ thua trận nên quyết định phá hủy Olongapo. Ngày hôm sau thì Hoa Kỳ chiếm được đảo Grande và Hải quân bắt đầu rà và trục vớt mìn trong vịnh.